В RHEL-based дистрибутивах есть замечательная утилита по управлению автозагрузкой, называется она chkconfig. В Debian-based дистрибутивах существует аналог этой замечательной утилиты, называется sysv-rc-conf.

Для того, чтобы добавить свой скрипт или программу в автозагрузку Ubuntu (и ему подобных дистрибутивов), достаточно его прописать в файл /etc/rc.local перед последней строкой "exit 0".